メタルギアシリーズの主人公は「スネーク」というコードネームで呼ばれます。シリーズによって「ネイキッド・スネーク」「ソリッド・スネーク」「イロコイ・プリスキン（偽名）」と名を変え登場しますが、ネイキッド以外はビッグ・ボスのコピーとされています。
『メタルギア』シリーズでビック・ボスがジョンドゥと名乗る場面も
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メタルギアシリーズにはシリーズを通して4人のスネークが登場します。その中でメタルギアソリッド3で主人公として登場する「ネイキッド・スネーク」がビッグボスのオリジナルで、彼が通信中に「ジョン・ドゥ」と名乗るシーンが見られますが、恐らく彼の性格からしてジョークであると思われます。
ソリッド・スネークの本名はジャックですが、ファミリーネームが不明であるため上記のようなシャレを効かせたのではないでしょうか。主人公は正体不明である事が強みでもある潜入工作を行うので、あながちジョン・ドゥと名乗るのも違和感はありません。
闇の組織・愛国者達のA.I.プログラムとして登場する「J.D.」
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元は「サイファー」と呼ばれる非政府諜報組織を前任者から受け継いで誕生した「愛国者達」のシステムで、それを管理する複数のA.I.の中で最高権限を有するA.I.が「ジョンドゥ（J.D.）」です。実在する人でも個体のモノでもなく、A.I.といういわば幽霊のような存在という所からJ.D.となったのかも知れません。人工知能についての詳細はこちらからどうぞ
アニメ業界のジョンドゥ
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普段何気なく見ているものの中にもジョンドゥのような、実は実在しない人物だったというものがあります。業界ならではの方法で生み出されたジョンドゥの名前を見て意外に驚く人は多いのではないでしょうか。
サンライズの共用ペンネーム「矢立肇」
勇者シリーズやガンダムシリーズで有名なサンライズの作品でよく見かける原作者名に「矢立肇」とありますが、これは社内の共通ペンネームの名称であり「矢立肇」という人物は存在しません。しかし、1980年前代までは当時の企画部長であった山浦英二さんが使っていた名前で、のちに共通ペンネームになったという経緯があります。
魔女っ子シリーズ原作者「東堂いづみ」
サンライズ同様東映アニメーションで使用されている共通ペンネームです。こちらはプリキュアやおジャ魔女どれみシリーズなどの魔女っ子シリーズに用いられ、特別明記する人物がいる場合を除いて原作者名としてクレジットされています。
