捌く際は、クロアナゴの大きさを考慮しつつ、目打ちを使い、一般的なマアナゴのように開いても良いですし、ぶつ切りにして三枚おろしにしても良いでしょう。アナゴ捌きに必要な目打ちを持っていない場合は、アイスピックや釘を代用しても構いません。クロアナゴを開く場合、腹開きでも背開きでも構いませんが、背開きをオススメします。と言うのも、クロアナゴの内臓はビックリするほどの臭みと大きさがあるので、背開きよりも腹開きにして腹腔をよく洗ってから捌いた方が賢明なのです。また、先述の通り水っぽい身をしているので、開いてから全体を水洗いをするのも避けましょう。
捌く際は骨の位置に気をつけて！
クロアナゴは腹骨がないかわりに、中骨の下が複雑な形をしている（Y字）ので、それを切り離さないように気をつけましょう。腹側から包丁を傾斜をつけて入れてあげるとスムーズに捌けます。最後に頭側から中骨を排除し、ヒレと頭を切り落としたらクロアナゴ捌きの完成です！
注意！必ず内蔵は綺麗に取り除いて！
魚の肝は美味しいです。しかし、東京湾でゲットしたクロアナゴや他の魚を調理する際は必ず内蔵をキレイに取り除いてください。いくら東京湾がきれいになってきたと言えども、肉眼で分らないダイオキシン、PCB、重金属などにより大変汚染された海です。そのため、クロアナゴに限りませんが内蔵は必ず取り除き、食べないようにしてください。汚染されて蓄積したダイオキシンなどが内蔵にくっついている脂に蓄積し、人体に有害な水銀はだいたい肝臓に積ります。しっかり内蔵を取り除けば安全に食せますので、再度喚起しますが内臓は絶対に取り除いてください！
